兰溪市环境保护局目前内设4个职能科室，下设两个事业单位。
1、 办公室
负责协调各业务科室的工作，对要事进行督办。负责文秘、文印、档案管理、保密、保卫、财务管理、公共财产管理工作；负责制订机关内部的各项管理制度；负责重要会议的组织和行政后勤工作。负责本局人事调配、工资、职称管理工作；负责文件收发、传递、催办、归档工作；负责安全保卫、卫生管理、车辆、计划生育、公费医疗管理工作；负责职工福利安排、办公、劳保用品发放工作。负责环保资金与排污费汇总、管理工作。负责环保系统的党风廉政建设和行风建设，负责社会治安综合治理、文明单位创建等工作。组织贯彻实施国家环保方针、政策、法律、法规。组织政策调研、起草综合性环境保护文件。组织审理环境违法案件，下达行政处罚决定书。负责行政复议与行政诉讼案件，处理其他科室移交的环保案件。负责行政执法责任制工作。负责环境宣传及教育工作。编发《兰溪环保》。
2、 建设项目管理科
负责建设项目及各种开发区、城镇建设规划定点布局工作；建设项目"三同时"监督工作；建设项目环境影响评价审批工作；编制本市环保规划、计划工作；建设项目竣工验收工作；清洁生产工艺的开发工作；环保产业的开发管理工作。
3、 环境管理科
负责任期、年度环保目标责任书的编排、分解、落实、检查、考核、评比等管理工作；企业污染源治理设施运转管理工作；城市环境综合整治管理工作；排污申报登记、排污许可证发放管理工作；自然生态环境建设、保护及管理工作；烟控区和合格饮用水水源保护区的管理工作；噪声达标区、放射性污染源管理工作；文明城市、文明单位建设和卫生城市达标管理工作；环境统计管理工作。
4、 环境监察大队
为全额拔款事业单位，负责全市环境执法来信来访接等处理及排污收费等工作。（定编20人）
5、 环保监测站
为全额拔款事业单位，负责本市大气、水、噪声环境监测和放射源、污染事故、环境影响评价监测等工作。（定编25人）
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